Quy định về công nghệ gen liên quan đến các phương pháp tiếp cận mà các chính phủ thực hiện để đánh giá và quản lý các rủi ro liên quan đến việc phát triển và phát hành GMO. Sự phát triển của một khung pháp lý bắt đầu vào năm 1975, tại Asilomar, California.[145] Cuộc họp Asilomar đã đề xuất một bộ hướng dẫn tự nguyện về việc sử dụng công nghệ tái tổ hợp.[29] Khi công nghệ được cải thiện, Hoa Kỳ đã thành lập một ủy ban tại Văn phòng Khoa học và Công nghệ,[146] đã chỉ định việc phê duyệt quy định về thực phẩm biến đổi gen cho USDA, FDA và EPA.[147] Nghị định thư Cartagena về An toàn sinh học, một hiệp ước quốc tế điều chỉnh việc chuyển giao, xử lý và sử dụng GMO,[148] đã được thông qua vào ngày 29 tháng 1 năm 2000.[149] Một trăm năm mươi bảy quốc gia là thành viên của Nghị định thư và nhiều quốc gia sử dụng Nghị định thư này làm điểm tham chiếu cho các quy định của riêng mình.[150]

Tình trạng pháp lý và quản lý của thực phẩm biến đổi gen khác nhau tùy theo quốc gia, với một số quốc gia cấm hoặc hạn chế chúng, và một số quốc gia khác cho phép với các mức độ quy định khác nhau.[151][152][153][154] Một số quốc gia cho phép nhập khẩu thực phẩm biến đổi gen với sự cho phép, nhưng không cho phép trồng trọt (Nga, Na Uy, Israel) hoặc có quy định cho trồng trọt mặc dù chưa sản xuất sản phẩm biến đổi gen nào (Nhật Bản, Hàn Quốc). Hầu hết các quốc gia không cho phép trồng GMO đều cho phép nghiên cứu.[155] Một số khác biệt rõ rệt nhất xảy ra giữa Hoa Kỳ và Châu Âu. Chính sách của Hoa Kỳ tập trung vào sản phẩm (không phải quá trình), chỉ xem xét các rủi ro khoa học có thể kiểm chứng và sử dụng khái niệm tương đương đáng kể.[156] Ngược lại, Liên minh Châu Âu có những quy định về GMO nghiêm ngặt nhất trên thế giới.[157] Tất cả GMO, cùng với thực phẩm được chiếu xạ, được coi là "thực phẩm mới" và được Cơ quan An toàn Thực phẩm Châu Âu đánh giá dựa trên cơ sở khoa học, từng trường hợp cụ thể. Tiêu chí để ủy quyền thuộc bốn loại chính: "an toàn", "tự do lựa chọn", "ghi nhãn" và "truy xuất nguồn gốc".[158] Mức độ quy định ở các quốc gia trồng GMO khác nằm giữa Châu Âu và Hoa Kỳ.

Một trong những vấn đề quan trọng liên quan đến các cơ quan quản lý là liệu các sản phẩm GM có nên được dán nhãn hay không. Ủy ban Châu Âu cho rằng cần ghi nhãn bắt buộc và truy xuất nguồn gốc để cho phép lựa chọn sáng suốt, tránh quảng cáo sai sự thật tiềm ẩn [159] và tạo điều kiện thu hồi sản phẩm nếu phát hiện ra tác dụng phụ đối với sức khỏe hoặc môi trường.[160] Hiệp hội Y khoa Hoa Kỳ [161] và Hiệp hội Vì sự Tiến bộ của Khoa học Hoa Kỳ [162] nói rằng việc không có bằng chứng khoa học về tác hại, ngay cả việc ghi nhãn tự nguyện cũng gây hiểu lầm và sẽ báo động sai cho người tiêu dùng. Ghi nhãn các sản phẩm GMO trên thị trường là bắt buộc ở 64 quốc gia.[163] Việc ghi nhãn có thể là bắt buộc cho đến mức hàm lượng GM ngưỡng (thay đổi giữa các quốc gia) hoặc tự nguyện. Ở Canada và Hoa Kỳ, việc dán nhãn thực phẩm GM là tự nguyện,[164] trong khi ở châu Âu, tất cả thực phẩm (bao gồm cả thực phẩm chế biến) hoặc thức ăn chăn nuôi có chứa hơn 0,9% GMO đã được phê duyệt phải được dán nhãn.[157]